一般社団法人日本国際薬膳師会は会長を中心に総務部本部、学術事業部本部、広報事業部本部、地域活動部本部で構成され、総務部、運営企画部、学術部、認定部、広報部、Web部がそれぞれ役割を担って活動しています。また、隔月に1回開催される理事会にて逐次意見を交換し、柔軟かつダイナミックな組織運営を行っています。
会長直轄の日本国際薬膳師資格認定機構が国際薬膳師資格認定の活動を担います。
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