日本国際薬膳師会は、会長を中心に事業部、広報部、交流部、学術部、総務部、IT部の6つの部で構成され、それぞれの役割を担って活動しています。また、隔月に1度開催される常務理事会にて逐次意見を交換し、柔軟かつダイナミックな組織運営を行っています。